Maguk, правила относительно чартеров не имеют отношения к визе. С визой все просто, однократная - один въезд один выезд, двукратная - тоже самое еще раз.
В Даболиме, насколько знаю, проверяют по своей базе прилетов во время регистрации.
В теории, конечно, могут заметить что покидали Индию, и в теории тогда докопаться, что вы теперь, получается, прибыли в Индию на регулярке (рейс из Тая например), а улететь хотите чартером флайдубай. Но на практике пока никто о таком не писал, и думаю, вероятность этого тоже не большая.