из Беларуси в Гоа, на 2 месяца, потом в горы на 4. в конце февраля начале марта.

alexweb, а в паспорте были какие-нибудь пометки о просрочке визы? Печать overstayed или что-нибудь типа того?
/хотя, там наверное, в любом случае видно, из-за печати о выезде/

Roman,не было, паспорт свежий, поменял неделю назад.

Да, тогда странно.
Единственное, что могу предположить, это то, что пресловутые черные списки исправно ведутся, и имеют вид общей базы.
Как мне рассказывали однажды, при подаче документов на визу, еще когда я ехал в Индию в первый раз, что проблемы с выдачей визы могут возникнуть лишь в том случае, если мои фамилия и имя совпадут с именем кого-то, кто уже был в Индии, и попадал в ситуации, задокументированные полицией и подобными ведомствами.
Так что, вполне может быть, что за просрочку визы могли внести в тот самый список (возможно, поэтому и сказали что "консул просил передать что в другие посольства не стоит обращаться")
Как быть в этом случае, даже не знаю. Для начала, наверное, выяснить, действительно ли дело в наличии имени в списке.

Roman,думаю а пошли они, улечу в малазию)

Они не обязаны тебе пояснять по какой причине они не выдали визу. Это право остается исключительно за  ними. Но как я понял у тебя уже была просроченная виза, это существенно осложняет, и не важно что у тебя в паспорте не стоит никаких штампов, там ведь если паспорту меньше 3х лет, они просят вписать данные старого паспорта, где все прекрасно видно. У меня была похожая ситуация с шенгеном у друга, не в связи с просрочкой а просто с отказом, подал буквально через неделю и получил визу. Хотя сейчас знакомая из Питера пробует получить визу в Индию, тоже просрочив прошлый раз, уже почти 2 недели рассматривают...

Roman,думаю а пошли они, улечу в малазию)

Тоже выход:)
Как вариант, еще попробовать подать документы в Малайзии.

Dim4o,Roman,
базы видиомо нету, т.к. подал доки, пришел через три дня в назначеное время, секретарь дава искать паспорт, его нету.
тут появляется индусик и тако типа с вами хочет консул поговорить.
ну я думаю может я почетный гмилионны посетитель))
иду, тот такой типа а чего у вас паспорт новый. я такой, паспорт заканчивалсяч через пару месяцев. и я его поменял.хм..странно
-вы уже были в индии? да был, об этом написано в соответсвующем пункте.
-куда и зачем едите?туризм,дели, непал.
ок, мы вам позвоним через пару дней,
позвонили на следующий, и сказали что могу забрать паспорт.
на вопросы отвечали , ничего не знаем,, если что изменится мы вам позвоним.

На мой взгляд, это не показатель отсутствия базы.
Какая-то же причина отказа явно была. И это наверняка не просто из-за нового паспорта.