если вы находитесь в россии, то дешевле и быстрее будет сделать визу в москве.
мне до алматы тоже ближе чем до москвы, но визу точно проще сделать в москве.
про жд казахстана знаю что это ебаный стыд для такой вроде бы развитой страны - как сами поезда, так и вокзалы, билетные барыги, носильщики, вокзальные мусора и вообще вся их гнилая система. даже узбекские поезда лучше.
если поедете в алмату - берите билеты только на поезда РЖД. и кстати не надейтесь купить ЖД билет из казахстана в россию на месте - это очень непросто, лучше подсуетиться заранее и купить их в россии.